W półfinałach krakowskich zmierzą się najlepsze zespoły z rywalizacji w podokręgach:
PPN Kraków - PPN Wieliczka
PPN Myślenice - PPN Olkusz
Każda para zawodów pucharowych rozgrywa jeden mecz, a gospodarzem jest zespół występujący w niższej klasie rozgrywkowej. W przypadku remisu o awansie zadecydują rzuty karne.
Spotkania na szczeblu okręgu odbędą się w maju 2013, terminy półfinałów i finału zostaną podane przez Wydział Gier MZPN po wyłonieniu zwycięzców w podokręgach.
W maju zostaną również wyłonieni mistrzowie rozgrywek pucharowych w innych okręgach - tarnowskim, nowosądeckim i Małopolski zachodniej. Na czerwiec zaplanowano półfinały i finał małopolski, zwycięzca awansuje do rozgrywek centralnych.